Página Personal de Roberto Tejero

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M. Modelling
   M. Mechanics
   M. Dynamics
   Homology
   Struct. Analysis

PC-Farm
Hardware
Software

Se presentan aquí los enlaces al servidor que se encargarán del modelado por homología de forma automática. Esta característica se pondrá en funcionamiento en el futuro (fecha estimada: Abril 2004), cuando acabe de consolidar el servidor, y requerirán el uso de ususario y clave válidos. De momento quedan en suspenso y sólo se ofrece información y presentación de los enlaces (que deben estar protegidos y en cualquier caso no funcionan). Los enlaces reflejan el esfuerzo por elaborar un mecanismo automático de modelado por homología que cubra desde las necesidades primeras: modelado rápido con ciertas características de la plantilla, hasta el modelado más cuidadoso poniendo énfasis en el contenido energético total de la estructura modelada y la satisfacción de las resticciones homólogas extraídas de la plantilla. El proceso se basa en publicaciones nuestras [Li et al., poner ref.] y ha tenido precursores que se han utilizado asiduamente en el NMRLab del CABM. El diseño y funcionamiento de la página se deben a Zeba Wünderlich y se apoyan en el funcionamiento de CreateProc y PdbStat que son los motores del cálculo y análisis, respectivamente. Una vez adecuadamente instalado (fecha estimada: Abril 2004) el sistema usará también la herramienta de validación desarrollada por Aneerban Bhattacharya para el conjunto final de estructuras propuestas.

HOMA	Es la nueva versión de modelado por homología automático realizado por Zeba Wünderlich en el CABM. Utiliza CreateProc como conductor del cálculo y es capaz de usar DYANA y X-PLOR/CNS como motores del cálculo. PdbStat proporciona las restricciones homólogas a partir de la plantilla y realiza estudios estadísticos/análisis de satisfacción de restricciones sobre las estructuras obtenidas. Utiliza el cálculo ditribuído en la granja y los protocolos de simulated annealign tanto en DYANA como X-PLOR han probado ser suficientemente robustos. DYANA es usado para un cálculo rápido donde no se requiera mucho detalle y X-PLOR/CNS para cálculos más intensos con énfasis en el contenido energético y mejor perfilación de características estructurales. Se agradece la financiación del proyecto PB98-1455 a Roberto Tejero.

HOMMER	Versión antigua ( no usar ) del modelado por homología de Zeba Wünderlich utlizando ya PdbStat y CreateProc para la obtención de las restricciones y el cálculo distribuído. Está aquí por meras razones históricas pero no funcionará correctamente.

HOMOL	Primigenia versión ( no usar ) en cuanto a homología como interfaz a PdbStat y el software de obtención de restricciones homólogas realizada por Reza Y. Akhtar hace tiempo. No hacía uso del poder de cálculo distribuído y se basaba primordialmente en CONGEN con un protocolo de simulated annealing muy exigente que lo hacía lento pero con buenos resutlados en cuanto al contenido energético final de las estructuras. Esta aquí hasta que reestructure la página y se establezcan los enlaces adecuados y por motivos históricos. No funcionará en absoluto.

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