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Cuando se dispone de las coordenadas que representan la estructura tridimensional todavía quedan una serie de pasos por dar siendo el primero la valoración de la calidad de esas coordenadas.   En primer lugar hay que comprobar que toda la geometría covalente está adecuadamente representada: longitudes y ángulos de enlace, ángulos diedros, estereoquímica, etc.

Por otro lado, si las coordenadas proceden de un cálculo de la estructura a partir de restricciones derivadas de RMN habrá que comprobar la satisfacción de esas restricciones y la compatibilidad de ellas con una buena estructura covalente.

Hoy día existen programas de ordenador y servidores en la red para ello.   Uno de los más utilizados es ProCheck y su versión para RMN, ProCheck_NMR ya que produce un informe numérico y gráfico con cantidad de datos acerca de longitudes, ángulos de enlace, Ramachandran, estereoquímica, etc. Para enlaces a estos programas visitar el Banco de datos PDB

Hacia 1992 comencé a escribir un programa en lenguaje C llamado PdbStat que trataba de hacer parte de este tipo de análisis rápida e interactivamente.   Al comienzo puse mucho esfuerzo también en poder interconvertir los distintos ficheros entre los diferentes formatos al uso.   Nació de esta manera como un filtro de conversión y análisis y desde entonces ha pasado a tener muchas más aplicaciones como se verá.

PdbStat es capaz de leer coordenadas en diferentes formatos (PDB, X-PLOR, CHARMM, CONGEN, DISCOVER) y restricciones (DIANA, DYANA, CYANA, X-PLOR, CNS, CHARMM, DISCOVER, CONGEN), tanto de distancias como de ángulos diedros.   Con todo ello es capaz de realizar una limpieza o detección de las restricciones innecesarias o redundantes (aquellas que vienen fijadas por la estructura covalente) y un estudio de satisfacción de las restricciones dando distintos tipos de sumarios con tablas.   Además produce una tabla con la clasificación de las restricciones siguiendo los patrones de publicación. La secuencia de comandos para tal análisis sería:

PdbStat> read coo pdb Fichero_con_todas_las_estructuras      PdbStat> read cons dyana Fichero_con_las_restricciones      PdbStat> dist clean      PdbStat> set cutu 0.3      PdbStat> set cutaco 5.0      PdbStat> see viol

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